Salty_VgrG-CD27_эндолизин
Полная рамка считывания гена Salmonella enterica LT2 vgrG (также известного как STM0289 илиr tssI) соединенная с помощью гемагглютининового эпитопа с синтетическим геном, кодирующим эндолизин из бактериофага CD27. Считается, что эндолизин CD27 имеет высокую специфичность в отношении клеточной стенки Clostridium difficile.
Источник: http://parts.igem.org/Part:BBa_K895005
Разработчик: Frank Sargent Группа: iGEM12_Dundee (2012-09-23)
Выделение плазмидной ДНК
Проводилась трансформация клеток E. coli, штамм Nova-Blue (Novagen). Снятую с агара бактериальную колонию выращивали в среде LB (200 мл) в течении 18 часов. Выделение плазмидной ДНК проводили щелочным лизисом. Дополнительно обрабатывали полученную плазмидную ДНК РНКазой, проводили фенол-хлороформную экстракцию и осаждение этанолом.
Определение концентрации
Методом горизонтального электрофореза (рисунок 8-1, дор. 2). Нанесение 1 мкл плазмидной ДНК. Длина линейной формы плазмиды 4863 п.н.
Рисунок 8-1. Электрофореграмма плазмидной ДНК. М – маркерная лестница p250 (250, 500, 750, 1000, 1500, 2000, 2500, 3000 п.н.).
Рестрикционное картирование
Рестрикционное картирование проводили с помощью эндонуклеаз рестрикции EcoRI, PstI. Разделение продуктов реакции проводили методом горизонтального электрофореза в 1,5% агарозном геле (рисунок 8-2, дорожка 2).Ожидаемая длина фрагментов 2029 п.н., 2834 п.н.
Рисунок 8-2. Электрофореграмма продуктов рестрикции. М – маркерная лестница p250 (250, 500, 750, 1000, 1500, 2000, 2500, 3000 п.н.).
